Il suo lavoro è caratterizzato da un lungo sodalizio con Luca Ronconi, un regista che sulla scena più che una scenografia richiede una "macchina scenica" un dispositivo architettonico capace di creare e interpretare, di leggere visivamente un testo e di suggerirne nuove letture.
Premiata innumerevoli volte con i più prestigiosi tra i riconoscimenti teatrali, Margherita Palli pur essendosi diplomata in scenografia all'Accademia di Brera si è avvicinata al teatro solo in un secondo tempo, dedicandosi appena uscita dall'Accademia alla scultura, lavorando come assistente di Alik Cavaliere.
 

Il lavoro nella bottega di Cavaliere sfocia poi nell'allestimento di una serie di mostre per La Triennale di Milano e con la collaborazione con l'architetto e scenografo Gae Aulenti con cui lavora alla progettazione del Museo d'Orsay di Parigi e all'allestimento di alcuni spettacoli teatrali diretti da Ronconi.
È proprio l'incontro con Ronconi a riportarla nel 1984 al teatro affidandole la creazione delle scene per Fedra al Teatro Metastasio di Prato. Da quel momento firma le scenografie dei più importanti spettacoli di Ronconi tra cui ricordiamo: Le due commedie in commedia; Biennale Teatro di Venezia e al Teatro Argentina di Roma, 1984 (Premio "UBU" per le scene); Ignorabimus, Teatro il Fabbricone di Prato, 1986 (Premio "UBU" per le scene); Le Tre Sorelle, Teatro Comunale di Gubbio, 1989; Strano interludio e L’uomo difficile, Teatro Stabile di Torino, 1990; Lodoiska, Teatro alla Scala di Milano, 1991 (Premio "Amici del Loggione del Teatro alla Scala"); Don Giovanni, Festival di Salisburgo, 1999; Sogno, Teatro Studio di Milano, 2000.

Tra gli altri registi con cui ha lavorato: Mauro Avogadro, Franco Branciaroli, Andrea Barzini, Liliana Cavani e Cesare Lievi.
Oltre che alla scenografia Margherita Palli si dedica all'insegnamento: dal 1991 è docente di scenografia presso la Nuova Accademia di Milano.